Los Canberra desde un principio fueron asignados a la base aérea Mariscal Sucre a diferencia de los otros aviones de combate contemporáneos como el F-8, T-33 y Meteor que cumplían operaciones desde la base Aérea de Taura.

Ecuador compró un escuadrón de aviones Canberra conformado por seis aviones. Uno se destruyó en un accidente debido al mal tiempo en las cercanías a la ciudad de Quito por allá por los años sesenta. otro se incendió repentinamente en la base de Salinas sin afectar a los tripulantes que lograron escapar a tiempo. Finalmente un Canberra que estaba haciendo una operación rutinaria de touch and go en la base de Taura en el año de 1984, sufrió un apagón de uno de sus motores y se vino al suelo cuando trataba de despegar matando a todos sus ocupantes. Este fue el motivo que obligó a parar a estos aviones de servicio activo hasta hacer investigaciones del accidente y verificar que toos los sistemas estén en condiciones operativas. Así permanecieron por espacio de seis años entre los cuales hubo especulaciones de hacerlo volar nuevamente desde la base aérea de Manta o incluso hubo rumores de que la Fuerza Aérea Boliviana estaba pensando comprarlos, nada de eso se hizo realidad y finalmente el Canberra ha pasado ya a formar parte del museo aeronáutico en Quito siendo reemplazados en su cometido por los más modernos Kfir.